上野の森美術館는 우에노 공원 안에 자리한 사립 미술관이에요. 특정 소장품을 상설 전시하기보다 기획전과 공모전 중심으로 운영되며, VOCA전이나 일본 미술전 등 동시대 작가들의 전시가 자주 열려요.
昭和館는 지요다구 구단시타에 있는 국립 박물관이에요. 쇼와 시대, 특히 전쟁기와 전후의 국민 생활을 주제로 자료와 생활용품을 전시하며 당시의 일상을 전해요.
大倉集古館는 미나토구에 위치한 일본 최초의 사립 미술관이에요. 실업가 오쿠라 기하치로가 모은 동아시아의 미술품과 고미술을 소장하고 있으며, 중국풍 건물 자체도 볼거리예요.
国立映画アーカイブ는 일본 유일의 국립 영화 전문 기관이에요. 주오구 교바시에 있으며, 일본과 해외 영화 필름의 수집·보존을 맡고 상영회와 영화 관련 전시도 함께 운영해요.
目黒寄生虫館는 메구로구에 있는 세계적으로 드문 기생충 전문 박물관이에요. 다양한 기생충 표본을 전시하며, 긴 촌충 표본 등으로 잘 알려져 연구와 일반 공개를 함께 해요.
アーティゾン美術館는 주오구 교바시에 있는 미술관으로, 옛 브리지스톤 미술관을 새 건물로 재개관한 곳이에요. 인상파를 비롯한 서양 근대 회화와 일본 근대 미술 등 폭넓은 컬렉션을 소장하고 있어요.
森美術館(모리 미술관)는 미나토구 롯폰기의 롯폰기 힐스 모리 타워 최상층부에 있는 현대미술관이에요. 국제적인 현대 미술 기획전을 열며, 같은 층의 도쿄 시티 뷰 전망대와 함께 운영돼요.
江東区深川江戸資料館는 고토구 후카가와에 있는 자료관이에요. 에도 시대 후카가와의 거리와 가게, 살림집을 실물 크기로 재현해, 당시 서민들의 생활상을 직접 둘러볼 수 있어요.
東京都写真美術館는 메구로구 에비스의 가든플레이스 안에 있는 사진·영상 전문 미술관이에요. 일본 최초의 사진 전문 공립 미술관으로, 사진과 영상 작품의 수집과 기획전을 중심으로 운영돼요.

相撲博物館는 스미다구 료고쿠의 국기관 안에 있는 스모 전문 박물관이에요. 역대 요코즈나의 자료, 화장 마와시, 니시키에 등 스모의 역사와 문화를 보여 주는 자료를 소장하고 있어요.
世田谷文学館는 세타가야구에 있는 문학 전문 박물관이에요. 세타가야와 인연이 깊은 작가들의 자료를 수집·전시하며, 문학을 주제로 한 기획전도 정기적으로 열려요.
船の科学館는 시나가와구 히가시야시오의 인공섬 오다이바 인근에 있는 해양·선박 박물관이에요. 배 모양을 본뜬 건물로 알려져 있으며, 항해와 조선 기술, 해양 과학을 주제로 한 전시를 다뤄요.
印刷博物館는 분쿄구에 있는 인쇄 전문 박물관이에요. 톳판인쇄가 운영하며, 인쇄 기술의 역사와 활자, 인쇄물의 발전 과정을 자료와 체험을 통해 소개해요.
菊池寛実記念智美術館는 미나토구 도라노몬에 있는 미술관이에요. 현대 도예를 중심으로 소장품을 모으고 전시하며, 동시대 도예 작가들의 작품을 소개하는 기획전을 열어요.
目黒区美術館는 메구로구가 운영하는 공립 미술관이에요. 메구로강 근처 공원 안에 있으며, 일본 근현대 미술을 중심으로 소장품을 모으고 기획전을 열어요.
三井記念美術館는 주오구 니혼바시의 미쓰이 본관 안에 있는 미술관이에요. 미쓰이 가문이 대대로 모은 일본과 동양의 미술품, 다도구, 회화 등을 소장하고 있어요.
東京大空襲・戦災資料センター(도쿄 대공습·전재 자료센터)는 1945년 도쿄 대공습을 기록·전시하는 자료관이에요. 공습 피해자의 유품과 증언, 사진 등을 통해 당시의 참상과 전쟁의 기억을 전하는 곳이에요.
東京藝術大学大学美術館는 다이토구 우에노에 있는 도쿄예술대학 부설 미술관이에요. 대학이 오랜 세월 모아 온 미술품과 졸업·수료 작품을 소장하며, 학생과 작가들의 전시가 자주 열려요.
五島美術館는 세타가야구 가미노게에 있는 미술관이에요. 도큐의 창업자 고토 게이타가 모은 동아시아 고미술을 소장하며, 회화와 다도구 등을 넓은 정원과 함께 둘러볼 수 있어요.
講談社野間記念館는 분쿄구에 있던 기념관으로, 출판사 고단샤가 운영했어요. 창업자 노마 가문이 모은 일본화와 회화 등 근대 미술품을 소장·전시해 왔어요.
長谷川町子美術館(하세가와 마치코 미술관)는 세타가야구 사쿠라신마치에 있는 미술관이에요. 만화 '사자에상'의 작가 하세가와 마치코와 언니가 모은 미술품, 그리고 작가의 작품 자료를 소장하고 있어요.
世田谷美術館는 세타가야구의 기누타 공원 안에 있는 공립 미술관이에요. 자연에 둘러싸인 환경에서 일본 근현대 미술과 소박파 작가들의 작품을 소개하는 전시를 열어요.
畠山記念館(하타케야마 기념관)는 미나토구 시로카네다이에 있는 미술관이에요. 실업가이자 다인이었던 하타케야마 잇세이의 컬렉션을 바탕으로 다도구와 일본·동양의 미술품을 소장하고 있어요.
東京都水道歴史館(도쿄도 수도역사관)는 도쿄의 상수도 역사를 다루는 자료관이에요. 에도 시대의 간다 상수·다마가와 상수 같은 옛 수도 시설부터 근대 수도 시스템까지의 변천을 자료와 모형으로 보여줘요.
日本銀行金融研究所貨幣博物館는 주오구 니혼바시의 일본은행 근처에 있는 화폐 전문 박물관이에요. 일본은행이 운영하며, 고대부터 현대까지의 일본 화폐와 그 역사를 자료와 함께 소개해요.
戸栗美術館(도구리 미술관)는 시부야구 쇼토에 있는 도자기 전문 미술관이에요. 이마리·나베시마 등 일본 도자기와 중국·조선 도자기를 중심으로 한 컬렉션을 소장하고 있어요.
文京ふるさと歴史館(분쿄 후루사토 역사관)는 분쿄구의 향토 역사 자료관이에요. 이 지역의 고고 유물과 근현대 생활사, 모리 오가이를 비롯해 분쿄에 연고를 둔 문인들의 자료를 다루는 박물관이에요.
大名時計博物館는 다이토구 야나카에 있는 시계 전문 박물관이에요. 에도 시대에 다이묘들을 위해 만들어진 일본식 시계 '와도케이'를 모아 전시하며, 옛 일본의 시간 측정 방식을 보여 줘요.
世田谷区立郷土資料館는 세타가야구가 운영하는 향토 자료관이에요. 다이칸야시키 부지 안에 있으며, 세타가야 지역의 역사와 민속, 고고 자료를 전시해 지역의 과거를 소개해요.
ちひろ美術館・東京는 네리마구에 있는 그림책 화가 이와사키 치히로를 기리는 미술관이에요. 그녀가 살던 곳에 세워졌으며, 수채화 기법으로 그린 아이들 그림과 그림책 원화를 소장하고 있어요.
古代オリエント博物館는 도시마구 이케부쿠로의 선샤인시티 안에 있는 박물관이에요. 메소포타미아와 이집트 등 고대 오리엔트 문명의 유물과 자료를 소장·전시해요.
松岡美術館(마쓰오카 미술관)는 미나토구 시로카네다이에 있는 사립 미술관이에요. 실업가 마쓰오카 세이지로가 모은 컬렉션을 바탕으로 고대 동서양 조각, 동양 도자기, 회화 등을 소장하고 있어요.
岡本太郎記念館는 미나토구 아오야마에 있는 예술가 오카모토 다로를 기리는 기념관이에요. 그가 아틀리에 겸 자택으로 쓰던 곳을 그대로 살려, 작품과 조각, 작업 공간을 함께 볼 수 있어요.
野球殿堂博物館(야구 전당 박물관)는 일본 프로야구의 명예의 전당과 역사를 다루는 박물관이에요. 도쿄 돔에 자리해 명예의 전당 헌액자의 부조와 선수 유품, 야구 관련 자료를 전시해요.
練馬区立美術館는 네리마구가 운영하는 공립 미술관이에요. 누쿠이의 공원 안에 있으며, 일본 근현대 미술을 중심으로 소장품을 모으고 다양한 기획전을 선보여요.

田端文士村記念館는 기타구 다바타에 있는 기념관이에요. 다이쇼·쇼와 초기에 다바타에 모여 살던 문인과 예술가들을 주제로, 그들의 자료와 생애를 소개하는 전시를 운영해요.
日本サッカーミュージアム는 분쿄구 혼고에 있는 일본 축구 전문 박물관이에요. 일본축구협회가 운영하며, 일본 대표팀의 역사와 자료, 트로피 등 축구 관련 전시를 다뤄요.

消防博物館는 신주쿠구 욧쓰야에 있는 소방 전문 박물관이에요. 도쿄소방청이 운영하며, 에도 시대부터 현재까지의 소방 역사와 소방차, 장비 등을 전시해요.
大田区立郷土博物館는 오타구가 운영하는 향토 박물관이에요. 오타 지역의 고고·역사·민속 자료를 전시하며, 특히 지역에서 나온 출토품과 옛 생활 자료를 통해 동네의 역사를 소개해요.
調布市武者小路実篤記念館는 조후시 와카바초에 있는 기념관이에요. 작가이자 화가인 무샤노코지 사네아쓰를 기려, 그가 만년을 보낸 집과 정원, 작품과 자료를 함께 둘러볼 수 있어요.

伊勢半本店 紅ミュージアム는 미나토구 미나미아오야마에 있는 박물관이에요. 에도 시대부터 이어진 베니(연지) 제조사 이세한이 운영하며, 일본 전통 화장과 베니 문화의 역사를 소개해요.
切手の博物館는 도시마구 메지로에 있는 우표 전문 박물관이에요. 일본과 세계 각국의 우표를 모아 전시하며, 우표의 역사와 디자인을 주제로 한 기획전도 열려요.
太皷館는 다이토구 니시아사쿠사에 있는 북 전문 박물관이에요. 일본의 다양한 다이코를 비롯해 세계 여러 나라의 북을 모아 전시하며, 일부 북은 직접 쳐 볼 수도 있어요.
千秋文庫는 지요다구에 있는 박물관이에요. 옛 아키타번 사타케 가문에 전해 내려온 자료와 미술품을 소장하며, 고문서와 회화 등을 주제별로 전시해요.
台東区立書道博物館는 다이토구에 있는 서예 전문 박물관이에요. 서예가 나카무라 후세쓰가 모은 중국과 일본의 서예 작품, 비석 탁본, 문방구 등을 소장하고 있어요.
平和祈念展示資料館는 신주쿠구의 신주쿠스미토모빌딩 안에 있는 자료관이에요. 전쟁으로 병역에 동원된 병사, 시베리아 억류자, 해외 귀환자들의 고난을 자료와 증언으로 전해요.
佐藤美術館는 신주쿠구에 있는 미술관이에요. 젊은 작가들의 활동을 지원하는 데 힘을 쏟으며, 일본화를 비롯한 신진 작가들의 작품을 소개하는 전시를 자주 열어요.
國學院大學博物館는 시부야구에 있는 고쿠가쿠인대학 부설 박물관이에요. 신토와 고고학, 일본 문화를 주제로 한 자료를 소장하며, 제사 관련 유물과 출토품을 전시해요.
山崎記念中野区立歴史民俗資料館는 나카노구가 운영하는 역사·민속 자료관이에요. 나카노 지역의 역사와 민속 자료, 출토품을 전시해 동네의 옛 모습과 생활상을 소개해요.
新宿歴史博物館(신주쿠 역사박물관)는 신주쿠구 산에이초에 있는 지역사 박물관이에요. 옛 요쓰야·신주쿠 일대의 고고 자료와 에도부터 근대에 이르는 신주쿠의 역사·문화를 전시해요.