上野の森美術館は上野公園内にある私立美術館です。常設展示よりも企画展や公募展が中心で、現代作家による展覧会が数多く開催されます。
昭和館は千代田区九段下にある国立の博物館です。昭和時代、とくに戦中・戦後の国民生活をテーマに資料や生活用品を展示し、当時の暮らしを伝えています。
大倉集古館は港区にある日本初の私立美術館です。実業家・大倉喜八郎が収集した東アジアの美術品や古美術を所蔵し、中国風の建物自体も見どころとなっています。
国立映画アーカイブは日本唯一の国立映画専門機関です。中央区京橋にあり、日本と海外の映画フィルムの収集・保存を担い、上映会や映画関連の展示も行っています。
目黒寄生虫館は目黒区にある世界的にも珍しい寄生虫専門の博物館です。さまざまな寄生虫の標本を展示し、長いサナダムシの標本などで知られ、研究と一般公開を行っています。
アーティゾン美術館は中央区京橋にある美術館で、旧ブリヂストン美術館を新しい建物として再開館したものです。印象派をはじめとする西洋近代絵画や日本近代美術など幅広いコレクションを所蔵しています。
森美術館は港区六本木の六本木ヒルズ森タワー最上部にある現代美術館です。国際的な現代美術の企画展を開き、同じフロアの東京シティビュー展望台とともに運営されています。
江東区深川江戸資料館は江東区深川にある資料館です。江戸時代の深川の町並みや店、住まいを実物大で再現し、当時の庶民の暮らしぶりを実際に見て回ることができます。
東京都写真美術館は目黒区恵比寿のガーデンプレイス内にある写真・映像専門の美術館です。日本初の公立写真美術館として、写真や映像作品の収集と企画展を中心に運営しています。

相撲博物館は墨田区両国の国技館内にある相撲専門の博物館です。歴代横綱の資料や化粧まわし、錦絵など、相撲の歴史と文化を伝える資料を所蔵しています。
世田谷文学館は世田谷区にある文学専門の博物館です。世田谷ゆかりの作家の資料を収集・展示し、文学をテーマにした企画展も定期的に開催しています。
船の科学館は品川区東八潮、お台場近くにある海洋・船舶の博物館です。船の形をした建物で知られ、航海や造船技術、海洋科学をテーマにした展示を扱っています。
印刷博物館は文京区にある印刷専門の博物館です。凸版印刷が運営し、印刷技術の歴史や活字、印刷物の発展を資料や体験を通して紹介しています。
菊池寛実記念智美術館は港区虎ノ門にある美術館です。現代陶芸を中心にコレクションを集めて展示し、同時代の陶芸作家の作品を紹介する企画展を開いています。
目黒区美術館は目黒区が運営する公立美術館です。目黒川近くの公園内にあり、日本の近現代美術を中心にコレクションを集め、企画展を開いています。
三井記念美術館は中央区日本橋の三井本館内にある美術館です。三井家が代々収集してきた日本・東洋の美術品や茶道具、絵画などを所蔵しています。
東京大空襲・戦災資料センターは1945年の東京大空襲を記録・展示する資料館です。被災者の遺品や証言、写真などを通じて、当時の惨状と戦争の記憶を伝えています。
東京藝術大学大学美術館は台東区上野にある東京藝術大学附属の美術館です。大学が長年収集してきた美術品や卒業・修了作品を所蔵し、学生や作家による展覧会が数多く開かれます。
五島美術館は世田谷区上野毛にある美術館です。東急の創業者・五島慶太が収集した東アジアの古美術を所蔵し、絵画や茶道具などを広い庭園とともに鑑賞できます。
講談社野間記念館は文京区にあった記念館で、出版社の講談社が運営していました。創業者の野間家が収集した日本画や絵画などの近代美術品を所蔵・展示してきました。
長谷川町子美術館は世田谷区桜新町にある美術館です。漫画『サザエさん』の作者・長谷川町子と姉が集めた美術品や、作者の作品資料を収蔵しています。
世田谷美術館は世田谷区の砧公園内にある公立美術館です。緑に囲まれた環境で、日本の近現代美術や素朴派の作家の作品を紹介する展覧会を開いています。
畠山記念館は港区白金台にある美術館です。実業家で茶人でもあった畠山一清のコレクションをもとに、茶道具や日本・東洋の美術品を収蔵しています。
東京都水道歴史館は東京の上水道の歴史を扱う資料館です。江戸時代の神田上水・玉川上水といった古い水道施設から近代の水道システムまでの変遷を、資料や模型で紹介しています。
日本銀行金融研究所貨幣博物館は中央区日本橋の日本銀行近くにある貨幣専門の博物館です。日本銀行が運営し、古代から現代までの日本の貨幣やその歴史を資料とともに紹介しています。
戸栗美術館は渋谷区松濤にある陶磁器専門の美術館です。伊万里や鍋島などの日本の磁器を中心に、中国・朝鮮の陶磁器を収蔵しています。
文京ふるさと歴史館は文京区の郷土歴史資料館です。地域の考古資料や近現代の暮らし、文京ゆかりの森鴎外をはじめとする文人たちの資料を扱っています。
大名時計博物館は台東区谷中にある時計専門の博物館です。江戸時代に大名のために作られた和時計を集めて展示し、かつての日本の時間の計り方を伝えています。
世田谷区立郷土資料館は世田谷区が運営する郷土資料館です。代官屋敷の敷地内にあり、世田谷地域の歴史や民俗、考古資料を展示して地域の歩みを紹介しています。
ちひろ美術館・東京は練馬区にある絵本画家・いわさきちひろを記念する美術館です。彼女が暮らした地に建てられ、水彩で描かれた子どもの絵や絵本の原画を所蔵しています。
古代オリエント博物館は豊島区池袋のサンシャインシティ内にある博物館です。メソポタミアやエジプトなど古代オリエント文明の遺物や資料を所蔵・展示しています。
松岡美術館は港区白金台にある私立美術館です。実業家・松岡清次郎が集めたコレクションをもとに、古代の東西の彫刻や東洋陶磁、絵画などを収蔵しています。
岡本太郎記念館は港区青山にある芸術家・岡本太郎を記念する施設です。彼がアトリエ兼自宅として使っていた場所をそのまま活かし、作品や彫刻、制作の空間を見ることができます。
野球殿堂博物館は日本野球の殿堂と歴史を扱う博物館です。東京ドームに位置し、殿堂入りした人物のレリーフや選手の遺品、野球関連の資料を展示しています。
練馬区立美術館は練馬区が運営する公立美術館です。貫井の公園内にあり、日本の近現代美術を中心にコレクションを集め、さまざまな企画展を開催しています。

田端文士村記念館は北区田端にある記念館です。大正から昭和初期にかけて田端に集まり暮らした文士や芸術家たちをテーマに、その資料や生涯を紹介する展示を行っています。
日本サッカーミュージアムは文京区本郷にある日本サッカー専門の博物館です。日本サッカー協会が運営し、日本代表の歴史や資料、トロフィーなどサッカーに関する展示を扱っています。

消防博物館は新宿区四谷にある消防専門の博物館です。東京消防庁が運営し、江戸時代から現在までの消防の歴史や消防車、装備などを展示しています。
大田区立郷土博物館は大田区が運営する郷土博物館です。大田地域の考古・歴史・民俗資料を展示し、とくに地元の出土品や昔の生活資料を通して町の歴史を紹介しています。
調布市武者小路実篤記念館は調布市若葉町にある記念館です。作家であり画家でもあった武者小路実篤を記念し、晩年を過ごした住まいや庭、作品や資料を合わせて見ることができます。

伊勢半本店 紅ミュージアムは港区南青山にある博物館です。江戸時代から続く紅づくりの伊勢半が運営し、日本の伝統的な化粧や紅文化の歴史を紹介しています。
切手の博物館は豊島区目白にある切手専門の博物館です。日本や世界各国の切手を集めて展示し、切手の歴史やデザインをテーマにした企画展も開いています。
太皷館は台東区西浅草にある太鼓専門の博物館です。日本の太鼓をはじめ世界各国の太鼓を集めて展示し、一部の太鼓は実際に叩いて体験することもできます。
千秋文庫は千代田区にある博物館です。旧秋田藩の佐竹家に伝わる資料や美術品を所蔵し、古文書や絵画などをテーマごとに展示しています。
台東区立書道博物館は台東区にある書道専門の博物館です。書家・中村不折が収集した中国や日本の書作品、碑の拓本、文房具などを所蔵しています。
平和祈念展示資料館は新宿区の新宿住友ビル内にある資料館です。戦争で兵役に就いた兵士やシベリア抑留者、海外からの引揚者の労苦を、資料や証言を通して伝えています。
佐藤美術館は新宿区にある美術館です。若手作家の活動支援に力を入れており、日本画をはじめとする新進作家の作品を紹介する展覧会を数多く開いています。
國學院大學博物館は渋谷区にある國學院大學附属の博物館です。神道や考古学、日本文化をテーマにした資料を所蔵し、祭祀に関わる遺物や出土品を展示しています。
山崎記念中野区立歴史民俗資料館は中野区が運営する歴史・民俗資料館です。中野地域の歴史や民俗資料、出土品を展示し、町の昔の姿や暮らしぶりを紹介しています。
新宿歴史博物館は新宿区三栄町にある地域史の博物館です。旧四谷・新宿一帯の考古資料や、江戸から近代に至る新宿の歴史と文化を展示しています。